Bilbao Basket 2000. urtean sortu zen, Bilbo eliteko saskibaloira itzultzeko xedez, maila gorenean jokatu zuten talde batzuen oinordeko izanik, hala nola Águilas Escolapios (1958- 1976), KAS Bilbao (1968-1974) eta Caja Bilbao (1986-1994) taldeena. Era horretan, hirian zenbait urtez goi kategorietan talderik izan gabe, Bilbao Basketen proiektua sortu zen.
Lau urtean LEB 2n (estatuko hirugarren maila ) egon ostean , La Casilla Pabilioian, 2004. urtean taldea ACBra iritsi zen, funtseko bi figuren eskutik: Txus Vidorreta eta Javi Salgado.
ACBn irauteko xedez, taldea haziz joan zen eta La Casilla partida guztietan betez, 5.000 zale baino gehiago bilduz. Taldea hazten zen neurrian, Bilbao Basket hasi zen nazio mailako talde esanguratsuenen aurkako partidak jokatzen: Real Madrid, FC Barcelona eta Baskonia, besteak beste, eta ACBko ikusleen marka lortu zuen, TAU Baskoniaren aurkako partida baten 15.414 pertsona bildu baitzituen, BECen(Bilbao Exhibition Center).
2007-08 sasoian, taldeak kalitate jauzi bat egin zuen, Marcelinho Huertas buru zela, oso sasoi ona eginez. Urte horretan, Bilbao Basketek sailkapenaren lehen postuan bukatu zuen lehenengo buelta, Erregearen Kopako finalaurrekoetan galdu zuen, eta ligako Play Offak jokatu zituen. 2009. urtean, Bilbao Basketen partida guztiak BECera eraman ziren eta, aurreneko aldiz, taldeak Eurocupen jokatu zuen eta finalaurrekoetara iritsi zen.
Urtez urte, taldea finkatuz joan zen, harik eta 2010-2011ko sasoian, Fotis Katsikaris etorrerarekin eta Alex Mumbrú, Aaron Jackson, Marco Banic eta Axel Hervelleren moduko jokalariekin, Bilbao Arena Bilbao Basketen egoitza bihurtu zen arte. Sasoi horretan, ligako Txapeldunordea izan zen taldea, eta horrek ahalbidetu zioen Euroligako sasoi bakarra jokatzea.
2011-2012ko sasoia Euroligako gau gogoangarriez beteta egon zen Miribillan. Bilbao Basketek lortu zuen Baskoniaren moduko taldeak txapelketatik kanpo uztea, eta Final Fourren atean geratu zen, CSKA Moskuren aurrean, etxean irabaztea lortu ondoren, Kirilenkok gidatzen zuen taldea izarrez josita egon arren.
Urte haietan, Fotis Katsikarisek taldea gidatuta, playoffera iristea lortu zuten beti, eta Erregearen Kopak jokatu ziren.
2012-2013koan, taldeak lortu zuen Eurocupen finalean sartzea, Charleroin (Belgika), Errusiako Lokomotiv Kuban taldearen aurka. Final horretarako, 2.000 zale baino gehiago mugitu ziren, guztiok gogoratuko dugun egun eder batean.
2013-2014ko sasoia oso sasoi zaila izan zen klubarentzat. Rafa Pueyok (oraingo Kirol Zuzendaria) taldearen ardura hartu zuen, aurreko urteetan hartutako zorrak baldintzatuta; izan ere, zor horrek taldearen errendimendua balaztatu zuen bai urte horretan eta bai hurrengoetan. Álex Mumbrú, Raül López edo Axel Hervelleren moduko jokalariek profesionaltasun lezio bat eman zuten, eta kirol arloan sasoia modu onean bukatzea lortu zen.
Urte horren ostean, Sito Alonsok taldearen ardura hartu zuen bi sasoian, eta oso jokalari onak zituen talde bat osatzea lortu zuen; hala, lehenengo urtean Endesa Ligako laugarren postuan bukatzea lortu zen, baina hurrengo urtean ezin izan zen playoffean sartu.
2016-2017ko sasoian, Raül Lópezek kirol zuzendaritza hartu zuen eta Carles Duran taldea gidatzeko iritsi zen, plantillaren berregituraketa handi batekin batera.
2017-2018ko sasoia klubaren historiako sasoi zailena izan zen, seguruenik. Taldearen zuzendaritza bi aldiz aldatu ondoren, ez zen iritsi espero zen kirol errendimendua izatera, eta azkenean taldea Urrezko LEBera jaitsi zen (estatuko bigarren maila). Urte berean Álex Mumbrúk jokatzeari utzi zion, erretiroa hartuta.
Zalantza ugariko uda baten ostean, kluba osorik berregituratu zen, aurpegi berriak klubaren atal gehienetan sartuz 2018-2019ko sasoirako. Rafa Pueyo klubera itzuli zen, Kirol Zuzendaria izateko, eta Alex Mumbrú entrenatzaile gisa itzuli zen, taldea egotea merezi zuen lekura itzultzeko eginkizunarekin.
Talde tekniko guztiz berri batez, ACBtik pasatu ziren LEBeko jokalari onekin, Javi Salgado kapitaina izanik, eta jende guztiaren ilusio eta ahaleginekin, taldeak igotzea lortu zuen, Palentziaren kontrako Playoff bat jokatu ondoren eta partida guztietan zaleek pabilioia goitik behera bete zuten Final Four agoniko baten ostean.
Urte zaila izan zen, aldaketa askorekin eta katarsi batez, orain konpartitzen dugun kluba sortzeko. Sasoi polit haren ostean, Javi Salgadok erretiratzea erabaki zuen, hurrengo sasoian Alex Mumbrúren laguntzaile gisa itzultzeko, ACBn jokatzeko.
2019-2020ko sasoian, taldeak ACBn debutatu zuen. Taldeak bere zaleen ilusioa piztea lortu zuen berriro, Euroligako talde guztiei irabaziz eta taldea Erregearen Kopan sartuz, FC Barcelonari bere etxean gailentzea ere lortuz. Sailkapeneko bosgarren postuan zela, eta sasoiaren erdia baino gehiago jokatuta, COVID-19ak liga geldiarazi zuen, harik eta, azkenean, taldea Final12 Valentzian jokatzeko sailkatu zen arte.