Bilbao Basket nace en el año 2000 con el objetivo de devolver a Bilbao el baloncesto de élite, siendo herederos de equipos que jugaron al máximo nivel como el Águilas Escolapios (1958- 1976), KAS Bilbao (1968-1974) y Caja Bilbao (1986-1994). Así, tras varios años sin equipos de baloncesto en categorías superiores en la ciudad, nació el proyecto del Bilbao Basket.
Tras cuatro años en LEB 2 (tercera división estatal) en el Pabellón de La Casilla, en el año 2004 el equipo llegó a la ACB de la mano de dos figuras esenciales como Txus Vidorreta y Javi Salgado.
Con el objetivo de permanecer en la ACB, el equipo fue creciendo y llenando La Casilla en cada partido con más de 5.000 aficionados. A medida que el club crecía, el Bilbao Basket empezaba a jugar los partidos contra los equipos más relevantes a nivel nacional como el Real Madrid, FC Barcelona y Baskonia, entre otros, consiguiendo el record de asistencia de la ACB con 15.414 personas en un partido contra el TAU Baskonia en el BEC (Bilbao Exhibition Center).
Durante la temporada 2007-08 el equipo dio un salto de calidad con Marcelinho Huertas al frente, haciendo una gran temporada. Ese año el Bilbao Basket acabó la primera vuelta líder en la clasificación, perdió en semifinales de Copa del Rey y jugó los Play Off de la liga. En el año 2009, todos los partidos del Bilbao Basket se trasladaron al BEC y por primera vez, el equipo jugó en Eurocup llegando a semifinales.
Año tras año el equipo se consolidaba hasta que con la llegada de Fotis Katsikaris y con jugadores como Alex Mumbrú, Aaron Jackson, Marco Banic o Axel Hervelle, en la temporada 2010-2011, el Bilbao Arena se convirtió en la sede del Bilbao Basket, quedando Subcampeones de liga; lo que permitió jugar la única temporada en Euroliga.
La temporada 2011-2012 estuvo llena de noches memorables de Euroliga en Miribilla. El Bilbao Basket consiguió dejar fuera de la competición a equipos como el Baskonia y se quedó a las puertas de la Final Four ante un CSKA Moscú, al que consiguieron vencer en casa plagado de estrellas como Kirilenko como líder.
Estos años con Fotis Katsikaris dirigiendo al equipo siempre consiguieron llegar a playoff y se disputaron Copas del Rey.
En la 2012-2013, el equipo consiguó meterse en la final de la Eurocup en Chaleroi (Bélgica) contra el equipo Ruso Lokomotiv Kuban. Para esa final se trasladaron más 2.000 aficionados creando un día para el recuerdo de todos.
La temporada 2013-2014 fue una temporada muy difícil para el club. Rafa Pueyo (Actual Director Deportivo) cogió las riendas del equipo en un año en el que la deuda generada en años anteriores lastró el rendimiento del equipo tanto ese año como los años posteriores. Jugadores como Álex Mumbrú, Raül López o Axel Hervelle dieron una lección de profesionalidad y se logró acabar la temporada con solvencia en el aspecto deportivo.
Tras ese año, Sito Alonso se hace cargo del equipo por dos temporadas, logrando crear un equipo con muy buenos jugadores para acabar cuartos en Liga Endesa el primer año, pero sin entrar en playoff al año siguiente.
En la temporada 2016-2017 Raül López se convierte en el director deportivo y Carles Duran llega para dirigir al equipo junto a una gran reestructuración de la plantilla.
La temporada 2017-2018 fue seguramente la temporada más difícil de la historia del club. Con dos cambios en la dirección del equipo no se llegó a lograr el rendimiento deportivo esperado y finalmente se descendió a LEB Oro (segunda división estatal). Ese mismo año Álex Mumbrú se retira como jugador.
Tras un verano de muchas dudas, el club se reestructura por completo incorporando caras nuevas en casi todas las secciones del club para la temporada 2018-2019. Rafa Pueyo regresa al club para ser el Director Deportivo y Alex Mumbrú vuelve como entrenador con la misión de devolver al equipo al lugar donde merece estar.
Con un cuerpo técnico completamente nuevo, buenos jugadores de LEB que pasaron por ACB capitaneados por Javi Salgado y con la ilusión y esfuerzo de todo el mundo el equipo logró ascender tras un Playoff contra Palencia y una Final Four agónica donde la afición abarrotó el pabellón en cada partido.
Fue un año difícil de muchos cambios y una catarsis para crear el club que compartimos ahora. Tras esa bonita temporada Javi Salgado decide retirarse para incorporarse como asistente de Alex Mumbrú la temporada siguiente en ACB.
En la temporada 2019-2020, el equipo debuta en ACB. El equipo consiguió volver a ilusionar a la afición ganando a todos los equipos de Euroliga y metiéndonos en Copa del rey consiguiendo la victoria frente al FC Barcelona en su casa. Siendo quintos en la clasificación y con más de la mitad de la temporada disputada, el COVID-19 provoca el parón de la liga hasta que finalmente el equipo se clasifica para disputar la Final12 en Valencia.